находилась в мест. Борок близ слободы Холуй Вязниковского у. Владимирской губ. (в наст. время пос. Холуй Южского р-на Ивановской обл.). По преданию, основана в 1650 г. кн. И. Д. Пожарским в соответствии с завещанием отца кн. Д. М. Пожарского, в 1612 г. на пути к Москве остановившегося с ополчением в Борке. В сохранившейся духовной грамоте Д. М. Пожарского нет распоряжений о построении пустыни. Однако известно, что царь Михаил Феодорович за заслуги перед отечеством пожаловал кн. Д. М. Пожарскому в вотчину часть слободы Холуй. На связь Пожарских с Б. п. указывает также монастырский синодик (не сохр.), в к-ром род Пожарских записан первым среди поминаемых вкладчиков и храмоздателей. В самом раннем документе, относящемся к пустыни (Память Илариона, митр. Суздальского и Юрьевского, строителю пустыни о высылке 2 книг, 1684 г.- ОПИ ГИМ. Ф. 17. Оп. 2. Картон 2. № 200), обитель названа Троицкой Холуйской пуст. В кон. XVII - 1-й пол. XVIII в. пустынь пришла в упадок, по свидетельству Анании Фёдорова она была «безвотчинной, несколько пахотной земли имеющей, також и от подаяния христолюбцев довольствующейся» (С. 107). Неизвестно, сохранились ли к.-л. монастырские здания к 1764 г.- времени учреждения штатов. Составлявшаяся в обязательном порядке в 1763-1764 гг. на каждую обитель «офицерская» опись имущества по Б. п. отсутствует.
Б. п. была возобновлена в 60-х гг. XVIII в. по инициативе и на средства Астраханского еп. Мефодия († 1776), уроженца Холуйской слободы, сына священника Троицкой ц., и именовалась Троицкой Борковской, что при Холуйской слободе или Борковской. Обитель была отстроена в 60-70-х гг. XVIII в. на средства еп. Мефодия в традициях архитектуры кон. XVII в. 29 июня 1765 г. в Б. п. была освящена теплая трапезная ц. во имя Св. Троицы, 27 окт. 1787 г. переосвященная в честь Казанской иконы Божией Матери (сохр.), с шатровой колокольней (сохр. нижний ярус). В храме было 2 престола: в честь Казанской иконы Божией Матери в воспоминание об образе, внесенном в 1612 г. впереди рус. войска в освобожденную Москву, и во имя мц. Фотинии Самаряныни, освященный в 1820 г. в память избавления жителей Холуя от «трясавичной» болезни (видимо, малярии). (Слобода Холуй находилась в болотистом месте, и особенно после весеннего разлива рек случались эпидемии этого заболевания.) В 1770 г. был сооружен летний кирпичный пятиглавый Троицкий собор с трапезной, в к-рой располагался придел во имя ап. Иоанна Богослова - небесного покровителя кн. И. Д. Пожарского. В 1866 г. трапезная часть храма была расширена, в ней устроили 2 придела: юж.- во имя ап. Иоанна Богослова и сев.- во имя свт. Николая Чудотворца, освященные в 1872 г. (собор сохр.). В 1770 г. пустынь обнесли каменной оградой с 4 башенками по углам, к-рая в 1860 г. была расширена. У дороги, ведущей к св. вратам, во 2-й пол. XIX в. стояла деревянная часовня свт. Николая Чудотворца.
В 1-й пол. XIX в. положение Б. п. ухудшилось. Предполагавшаяся к упразднению пустынь была возрождена благодаря усилиям местного землевладельца А. И. Чихачова, обратившегося к властям неск. губернских городов и своим знакомым с просьбой оказать материальную помощь обители. В нояб. 1852 г. Чихачов получил письмо из Москвы от мануфактур-советника П. М. Александрова, пожелавшего благоустроить мон-рь при условии введения в нем общежительного устава. На средства Александрова в 50-х гг. XIX в. были выстроены: деревянный двухэтажный корпус для настоятеля и братии, двухэтажный корпус с трапезной, просфорней и кельями, ряд хозяйственных построек, за монастырской оградой - двухэтажная деревянная гостиница. Немного позднее был сооружен двухэтажный каменный корпус с настоятельскими покоями, в 1863 г. здесь нек-рое время проживал на покое еп. Иустин. В 1854 г. Александров пожертвовал в Троицкий собор ценную утварь, облачения, хоругви и плащаницу; в 1856 г. на его средства палехские иконописцы изготовили для собора 6-ярусный резной позолоченный иконостас. В нач. марта 1854 г. по ходатайству игум. Георгия и по благословению Владимирского еп. Иустина в Б. п. был введен общежительный устав по образцу Саровской пуст.
В кон. XVII в. пустынью управляли строители. Анания Фёдоров в «Историческом собрании о богоспасаемом граде Суждале» сообщает, что в сер. XVIII в. в Б. п. был «начальствующий игумен с братиями» (С. 107); во 2-й пол. XVIII-XIX в. во главе мон-ря стояли попеременно строители и игумены, с 1894 г.- игумены. Во 2-й пол. XVIII - 1-й пол. XIX в. в Б. п. подвизались ок. 7 насельников, после введения общежития - ок. 18 чел. К 1917 г. в пустыни жили настоятель, казначей, иеромонах, 1-3 иеродиакона, 1-2 монаха, 6-13 послушников. Б. п. владела капиталом в 58133 р. в гос. процентных бумагах, ей также принадлежали 17 дес. пахотной земли, 15 дес. сенокосной, 137 дес. леса, 9 дес. земли под болотами, озерами и огородами и под кладбищем, а также мельница на р. Лух в Гороховецком у.
В Б. п. хранился почитаемый Казанский образ Божией Матери в драгоценном окладе с частицами мощей. Древняя монастырская икона Св. Троицы была украшена серебряной золоченой ризой, устроенной тщанием еп. Мефодия. Почитавшаяся в мон-ре чудотворная икона свт. Николая в драгоценном окладе, по преданию, была пожертвована в первый храм обители, посвященный свт. Николаю, кн. И. Д. Пожарским. Во Владимирском музее хранится рукопись с записью чудес от иконы, происходивших в XIX в. В силу устойчивости предания о существовании в Б. п. в XVII в. Никольского храма и почитании образа свт. Николая пустынь начиная с 50-х гг. XIX в. именовалась Борковской Николаевской. Особо почиталась жителями слободы Холуй монастырская икона мц. Фотинии Самаряныни с изображением Иисуса Христа, сидящего у кладезя. В обители совершались крестные ходы: в день Св. Троицы - в Троицкую ц. слободы Холуй, в день Св. Духа и в престольный праздник ап. Иоанна Богослова (26 сент.) - из Троицкой и Тихвинской церквей слободы в Б. п.
Б. п. была закрыта, по-видимому, в нач. 20-х гг. XX в. В 1941-1945 гг. в монастырских постройках жили эвакуированные из Ленинграда дети. В наст. время в них располагается детский дом. С 7 нояб. 1958 г. до кон. 90-х гг. XX в. в детском доме работал музей, организованный по инициативе директора детдома заслуженного учителя РСФСР В. В. Бормосова.